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臺灣省公路局於民國三十五年八月一日由臺灣行政長官公署交通處鐵路管理委員會汽車處改組而成，負責接管公路運輸業務。
民國三十六年五月臺灣省政府成立後，隨之改名為臺灣省公路局，隸屬交通處。民國三十八年增設工務處，掌理全省公路工務業務，自此公路局之業務包括工程、運輸、監理三大部門。
民國四十一年公路局將監理與運輸業務劃分管理，成立高雄區監理所，民國五十五年改名為公路局第五區監理所，並於所轄區域設屏東、臺東、澎湖、旗山等四個監理站。
本分站設立於民國七十年九月，民國八十八年七月一日依臺組織調整暫行條例第五條第二項交通部公路局暫行組織規程第十一條規定交通部公路局各區監理所暫行組織規程，機關改隸為交通部所屬機關。為求機關組織法制化訂定交通部公路局各區監理所組織通則，業經立法院三讀通過，經總統於九十一年一月二十一日公佈，並報奉行政院91.1.29院臺文字第0910004320-A號函同意自91.1.30施行。同時改名為交通部公路總局高雄區監理所屏東監理站恆春分站。因應交通部公路局組織法立法公布，民國112年9月15日改名為交通部公路局高雄區監理所屏東監理站恆春分站。
本分站原租地設址於屏東縣恆春鎮文化路三十二號，僅限於辦理機車業務，而後即因房舍老舊及業務所需，於民國八十年四月遷移至西門路九十二號；站區是借用交通部公路局第三區養護工程處楓港工務段恆春監工站之地。業務方面也因民之所需逐年擴增，目前除了機車業務之外，各項汽車業務也納入服務範圍(汽車考驗、汽車檢驗、動保業務、進口汽車新領牌除外)。
民國95年價購原屬臺汽公司保養廠之土地，作為本分站遷站之用，歷經1年整建完成。自96年4月30日起開始服務恆春、滿州、牡丹、獅子、車城及枋山等鄉鎮民眾。站區寬敞、明亮舒適，獲得所有到站民眾一致好評。並已預留汽車檢驗、考驗場地，作為將來擴大服務之用。
隨著民眾對政府機關期望不斷上昇的趨勢，為民服務工作的挑戰亦日益嚴峻，如何在這公共服務領域上求新求變，提供更多元及全方位的優質監理服務，乃為本分站全體同仁戮力推動的精進目標。
本分站為地處臺灣最末端的監理機關，雖在各項資源及人力不甚優勢情況下，我們仍秉持「最誠懇」、「最務實」的心去積極經營，給予當地民眾創造對等於都會區的便利與服務，期能在這片純樸的土地上留下更多共同的珍惜與價值。