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本所所長一人，副所長兩人，設有企劃及裁罰科、車輛管理科、駕駛人管理科、運輸管理科、監理資訊科、主計室、秘書室、人事室、政風室，並有各區服務站：澎湖監理站、臺東監理站、屏東監理站及恆春監理分站，及屏澎區車輛行車事故鑑定會。